Le Parc anime le Contrat de delta Camargue, un programme d’actions sur plusieurs années qui vise à améliorer la gestion de l’eau en Camargue. Deux orientations stratégiques de ce contrat, intitulées « poursuivons les efforts de lutte contre les pollutions d'origine domestique » et « réduisons les pollutions d'origine agricole », ciblent plus précisément l’amélioration de la qualité des eaux. Le Parc intervient pour motiver et accompagner les maîtres d’ouvrage, coordonner les actions, réaliser des bilans sur les études ou les travaux effectués.

Pour améliorer la qualité des eaux, des actions de lutte contre les pollutions et de suivi des milieux sont prévues : travaux sur les réseaux d’assainissement, mise en conformité de stations d’épuration et d’assainissement non collectif, modification des pratiques agricoles pour diminuer les engrais et les produits phytosanitaires, suivi de la qualité des eaux des étangs…